联结东西方的新航路的开辟，使国际贸易和海上运输蓬勃发展，蒙巴萨是新航路上的重要补给点和货物集散地。1593年，葡萄牙人攻占了蒙巴萨，并在港湾岬角处修建更大的城堡以俯视和控制港口。由于葡萄牙传教士也随着商船四处布道，这座新城堡就被命名为耶稣堡。耶稣堡呈“大”字形，长100多米，宽约80米，城墙建在珊瑚岩上，高15米，厚2.4米，大门上布满约10厘米长的尖钉，以防大象的冲撞。1696年，阿曼苏丹开始围攻城堡，葡萄牙人抵抗了两年零9个月后投降。
1958年，古城堡改为博物馆，展示东非与新航路的历史图片和文物。一些来自中国的文物也在其中，如明宣德年间烧制的瓷盘、花瓶等，研究表明，郑和下西洋时也曾达到过蒙巴萨，这些文物很可能就是那个时候留下的。
