苗族人主要信仰自然崇拜和图腾崇拜，而土家族人则信仰祖先崇拜等。
宗教信仰是苗族人和土家族人在长期的生产生活中累积出来的，其中苗族人主要信仰自然崇拜和图腾崇拜，而土家族人则信仰祖先崇拜等。对于来说，苗族人更加迷信鬼神和盛行巫术。这也是为什么出现了赶尸、降头术等一系列巫术文化。苗族对一些巨形或奇形的自然物，往往也会认为是一种灵性的体现。因而还会对其顶礼膜拜，甚至酒肉祭供。其中比较典型的自然崇拜物有巨石、怪石、岩洞、大树等。除了这些以外，苗族还认为一些自然现象或自然物具有神性或鬼性。所以也就出现了在苗族的语言中，神和鬼基本上是同一个音，造成鬼神不分，两词并用。多数情况下，鬼被认为是被遗弃或受委屈的灵魂和工具所变成的，常给人类带来灾难、病痛、瘟疫或其他不幸。而有灵性的自然现象常被认为是善鬼，具有一定的神性，如山神、谷魂、棉神、风神、雷神、雨神、太阳神、月亮神等。对于善鬼、恶鬼，苗族人的祭祀之法亦不同。苗族人对善鬼有送有迎，祭祀较真诚，而对于恶鬼则须贿赂哄骗直至驱赶使之远离。
除了这些以外，苗族人还认为自然界中就存在许多精怪。比如牛在厩内以粪便盖身或在厩内打转；猪吃猪仔或躺在食槽里；鸭吃鸭蛋；老虎进田；遇到两蛇交尾；母鸡发出公鸡的鸣叫等均属出现了相应的精怪。这时候一般要采取相应的措施，以免灾祸上身。在图腾崇拜方面，许多苗族崇拜盘瓠（一种传说中的神犬）。他们世代传说着“神母犬父”的故事，把盘瓠视为自己的始祖。而还有一些苗族认为他们的始祖姜央起源于枫木树心，因而把枫树视为图腾。另有更有一些地区的苗族以水牛、竹子等为自己的图腾崇拜对象。
土家族中，祖先崇拜在社会中占有十分重要的位置。他们认为祖先虽然死去，其灵魂却永远与子孙同在，逢年过节必以酒肉供奉，甚至日常饮食也要随时敬奉祖先。许多地区定期或不定期地举行祭祖盛典，其中，黔东南的吃牯脏至今盛行不衰，最为典型。吃牯脏亦称祭鼓节、鼓社节、鼓藏（牯脏）节，以宗族（鼓社）为单位，每七年或十三年举行一次。他们认为祖先的灵魂寄居中在木鼓里，祭鼓就是敲击木鼓召唤祖先的灵魂来享用儿孙的供品。主祭者称为牯脏头，而祭品用的牛也是专门为此而饲养的，并非一般的牛。除了以上这些原始的信仰之外，自近代以来，随着西方和其他一些地方的传教士深入我国内地传教，在少部分地区的一些群众，还信仰起了基督教。不过随着现在的全国民族大融合，很多风俗已经渐渐的消失了。
