日本：关于日本穷游交通

想问问各位XDJM。本人月底去日本，由于是第一次，毫无经验且因公出差行程较紧。想问问，交通怎样安排比较划算。
路线是：
飞抵大阪，然后在大阪闲逛，准备晚上或者晚些（初步打算乘坐新干线过过瘾，但是苦于不知代其服务时间）前往京都夜宿。第二天游京都，之后前往东京。不知道能否推荐一些经济实惠的线路以及交通工具的选取。
深表感谢！！！