日本：日本的JR真的划算吗？

刚刚拿到日本个人旅游签证，允许停留15天，我打算1月1号－1月10号到日本玩耍，进出都从东京成田机场，机票已定。除去头尾两天，中间共有8天空闲，请问：
1）交通：听说japan rail pass很划算，但是听说单独每段计划行程也不会很贵，我不知道到底应不应该买。我个人计划去东京－横滨－京都－奈良－大阪－东京，有时间的话还想去去看看名古屋或者去箱根泡泡温泉。是不是jr包括了几乎所有以上交通的铁路呢？在这些城市里面的地铁或者巴士也能包括吗？我实在是菜鸟，查了半天的东京铁路信息还是一头雾水。不知道是不是买有了这个jr就不用愁了。
2）因为是从美国飞回国经停日本，所以行李超多。不知道大包小包的能不能从机场带上jr呢？我自己打算到了东京市区再把它们寄存在旅社。再出行。毕竟机场寄存有点贵！
非常感谢了！！