从欧盟国家出发转机香港去台湾以及从台湾直飞上海的证件问题

我在丹麦，由于商务原因需要去台湾。我持有中国护照，欧盟签证，以及台湾发的正本商务入台证。但是我没有中国发的大陆到台湾的通行证。想请教：

1 去台湾的行程，我从丹麦飞在香港转机，不打算出关，请问没有大陆发的通行证会被拦吗？

2 在台湾结束后我要去上海，打算从台湾高雄直飞上海，不准备在香港转机，请问这种情况下，没有大陆发的通行证，在台湾出关会被允许登机吗？ 在上海关检会被询问吗？

谢谢。