持有台湾入出许可证和大陆居民往来台湾通行证是否可以乘直航

1.本人现在上海，将于7月初去台北出差，现已经拿到台湾地区入出境许可证（淡绿色的那张纸，事由商务访问（二））和大陆居民往来台湾通行证（藕粉色封面，F签注了 ），请问是否可以乘坐直航飞机？

本人公司的人事部在填写申请表格的时候写的是在第三地香港转机， 我现在还能够购买直航飞机票么？

2.本人不是上海户口，如果在香港转机的话，要不要弄个什么港澳通行证呢？

3.当时的批文上有6个同事的名字， 我们必须团进团出么？

谢谢！