急!SOS!请教通行证和护照,香港转机去台北的过关手续

本人计划杭州经香港去台北。杭州-香港-台北，三地来回都是国泰机票。已申请到入台证。现想请问以下问题：1、杭州出境时，我是否可以要求国泰航空直接把行李运到台北？2、我出境所持有的是港澳通行证，上面只有“杭州出”，那是否代表我到了香港机场之后要完成一次入境手续，有“香港入”？ 还是，可以直接在机场内部转机？3、台湾出入凭的是护照和入台证，那么，我从台湾经香港回到杭州（台-香与香-杭的机票间隔只有1小时多一点时间），我要用什么证件回到杭州？如果是通行证，但上面显然没有“香港出境”章。而护照上只有台湾的入境和出境章。。。我有点混乱了。内地海关到时候怎么看？我要如何面对查询呢？万分谢谢！！！