急!请高手指点!在日本留学的中国人 怎么去

我现在在日本留学 准备在日本的台北驻日经济文化代表处申请通行证 但是已经买了先回上海的机票 和 上海来回台湾的机票 现在听说 日本拿的通行证不能从上海过去 是真的吗 如果不能 应该怎么办

谢谢谢谢