上海往返台湾在香港中转问题

非台湾自由行开放城市户口，但是台湾合作公司能帮忙开据邀请函。由于回原籍办理大陆居民往来台湾通行证（紫色小本）耗时费力，所以打算从香港中转。如果手持台湾商务签证+大陆护照是否能买那种上海往返台北，香港中转的联程机票？没有港澳通行证，是否可以上海飞香港-机场候机-香港飞台北？
网上众说纷纭，搞的我头很大。希望有类似亲身经历的朋友传道授业解惑。先谢过。