北京去里斯本，途径马德里转机，是否可以办西班牙申根签证入境葡萄牙？

入境算在西班牙，但如果你的绝大多数时间都在葡萄牙，应该办理葡萄牙申根签，办理哪国申请签取决于在哪个国家呆的时间最长，如果几个国家呆的时间一样长，那就办理第一个入境的申根国，你的情况应该办葡萄牙申根签。

至于从哪入境，从哪出境不是办理申根签证的标准。