日本：日本JR Pass问题请教

各位达人，小妹准备10月底去日本，买了7天的JR Pass。 请教一下日本的JR Pass问题：
1。是否只要有JR打头的线路都能坐啊？（我知道"Nozomi"和"Mizuho"不能坐）。具体来讲，JR奈良线，JR嵯峨野线，JR小田原线是不是都可以坐？
2。在yahoo japan上查到有些JR线需要“指定坐席”，那我怎么知道哪些必须指定座，哪些可以自由座？假如我没有去预约“指定座”，而自由座又没有空位了，是不是意味着我就要站2个多小时去京都？
3。需要提早多久去预约那些“指定座”？我刚到日本成田机场的时候是不是就可以提早预约了？但是假如预约以后行程有变化，我预约了又没去坐那趟车，怎么改变时间呢？
谢谢啦！！！
 
附上我的行程安排：（因为东京可以住朋友家，所以以东京为出入口）10/27（周六）：东京（宿：东京）10/28（周日）：（启用JR Pass）京都（东福寺，伏见稻荷大社，祗园看艺妓表演）（宿：京都 x 1）10/29（周一）：京都（岚山，JR嵯峨野线上去，观光小火车下来，三十三间堂，京都御所，二条城）（宿：京都 x 1）10/30（周二）：京都（清水寺，银阁寺，金阁寺）（宿：奈良 x 1）10/31（周三）：奈良(徒步: 依水园 → 东大寺 → 二月堂 → 春日大社) (宿：东京) 11/1（周四）：东京 （宿：东京）11/2（周五）：箱根 (宿：箱根 x 1)11/3（周六）：箱根(看诸侯行列)（宿：东京）(JR Pass结束使用）11/4（周日）：东京（宿：东京）