日本：女生日本自由行安全问题

各位好！我想一个人去日本玩一周左右，签的是旅行社的自由行。
我唯一担心的问题是安全。我想请问：女生独行有什么大的安全隐患？这些问题如何及时防御避免？（比如帖子里面的怎么识别色狼，暴力团体等？）另外，我想去东京，京都和大阪3个城市的话，在城市之间坐JR或者电车有什么危险因素吗？这三个城市分别住在哪个区是比较安全的？比如新宿的歌舞伎町很不安全是吗？
我是大三学生。这是第一次一个人出国，自己心里没底也怕爸妈担心。
求各位解答，拜谢~