实际旅行和行程单不一样会不会影响再次办理申根签证

技术上问题不大，如果没要求销签的话，不过这样做真心对不起法国人的。

一般不会，签证的时候是填的法国入境，实际也从法国入境就可以。就算入境国家和申请签证不一样也不很影响，不过下次签证的时候可能会问一下什么原因。